EMBO J. 1991 Dec;10(12):3959-70.
C C Mello, J M Kramer, D Stinchcomb, V Ambros.
外来DNAを線虫の生殖腺に微量注入して、形質転換する方法の開発。導入したDNAは、他の多くの生物種と異なり染色体DNAに挿入されず（稀に挿入されるが）、染色体外で多コピーのアレイ（Extrachromosomal array）を形成する。当時ハーバード大のMelloら。1991年。
https://www.embopress.org/doi/abs/10.1002/j.1460-2075.1991.tb04966.x
The Worm Breeder's Gazette, July 18, 2017
Katherine Andrea Rivera-Gomez, Mara Schvarzstein.
「レコード盤」（レコ大など言葉として残っていても、もはや見たことない人が多い？）の上でアガロースを固め、レコードの溝（音溝）に沿ってできた壁で線虫を固定することで姿勢の良い線虫を顕微鏡観察する方法。ニューヨーク市大ブルックリン校のSchvarzstein研。2017年。
G3 (Bethesda). 2020 Sep 2;10(9):3025-3039.
Philipp Dirksen, Adrien Assié, Johannes Zimmermann, Fan Zhang, Adina-Malin Tietje, Sarah Arnaud Marsh, Marie-Anne Félix, Michael Shapira, Christoph Kaleta, Hinrich Schulenburg, Buck S Samuel.
自然界でC.エレガンスと共生する代表的な腸内微生物を13種類選び、そのコレクションをCeMbioと命名。腸内微生物叢と宿主動物の相互作用をクリーンかつ遺伝学的に研究できるモデルになると主張。ベイラー医科大Samuel研など多数。2020年。
https://www.g3journal.org/content/10/9/3025
MicroPubl Biol. 2021 Jan 8;2021:10.17912/micropub.biology.000349.
Sonia El Mouridi, Sarah AlHarbi, Christian Frøkjær-Jensen.
ショウジョウバエ由来のヒスタミン作動性Clチャネルを広範囲に発現させ、ヒスタミン存在下でトランスジーンを持った個体が麻痺するネガティブセレクションマーカーとして利用するプロトコルを報告。従来のネガティブセレクションマーカーであるpeel-1より優れている？ KAUSTのFrøkjær-Jensen研。2021年。
https://www.micropublication.org/journals/biology/micropub-biology-000349/
Science. 2008 Feb 1;319(5863):589-94.
Hannah S Seidel, Matthew V Rockman, Leonid Kruglyak.
PLoS Biol. 2011 Jul;9(7):e1001115.
Hannah S Seidel, Michael Ailion, Jialing Li, Alexander van Oudenaarden, Matthew V Rockman, Leonid Kruglyak
野生線虫株には、有毒な遺伝子peel-1とそれを解毒する遺伝子zeel-1に多型がある。精子がpeel-1を持つのに胚がzeel-1を持たないと致死になる。peel-1はネガティブセレクションマーカーとして利用される。プリンストン大学Kruglyak研。2008/2011年。
https://science.sciencemag.org/content/319/5863/589.long
https://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.1001115
bioRxiv.
Mustafa S. Pir, Halil I. Bilgin, Ahmet Sayici, Fatih Coşkun, Furkan M. Torun, Pei Zhao, Yahong Kang, Sebiha Cevik, Oktay I. Kaplan.
ヒト・マウス・線虫で報告された変異/バリアントが、別の２種に存在するオーソログではどのような変化に相当するかを調べられるウェブツール（ConVarT）の報告。アブドラ・ギュル大学（トルコ）のKaplan研。2021年1月9日プレプリント。
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.01.07.424951v2
Genetics. 2014 Mar;196(3):605-13.
Arnaud Ahier, Sophie Jarriault.
一つのmRNAから複数のタンパク質を発現させる方法として、前投稿のSL2を利用する方法に加えて、2Aペプチドがある。タンパク間に2Aペプチドを入れると、リボソームが2Aに達したところで翻訳が終了し、次のタンパクの翻訳が始まる。線虫での使用の最初の報告はストラスブール大学Jarriault研。2014年。
https://www.genetics.org/content/196/3/605.long
（補足：SL2と2Aの使い分け）
SL2ドナー配列を挟む方法は、下流の遺伝子の発現がおよそ半分に減ってしまうが、遺伝子産物に余計なペプチドを付加せずに済む。2Aペプチドは、上流遺伝子に2Aペプチド（約20アミノ酸）の大半が余計に付加されてしまうが、上流/下流の遺伝子をほぼ同量発現させられる。
そもそもどういう時に１つのmRNAから複数タンパク質を発現させたくなるかというと、例えば「導入する遺伝子が転写されているか確かめたいが、GFPを直接つなぐのは機能が阻害されるので避けたい」とか、「同じプロモーターで複数遺伝子を発現させたいが、普通に並べるとDNAが長すぎる」といった状況。
Science. 1998 Dec 11;282(5396):2012-8.
The C. elegans Sequencing Consortium
MRCのSulstonやワシントン大セントルイスにいたWaterstonが中心となって、8年がかりでC. elegansのゲノム配列を解読。線虫はゲノムが読まれた最初の多細胞生物となった。1998年。SulstonとWaterstonはその後のヒトゲノム解読プロジェクトでも旗振り役となった。
https://science.sciencemag.org/content/282/5396/2012/tab-pdf
bioRxiv.
Melissa D. Walker, Gabrielle E. Giese, Amy D. Holdorf, Sushila Bhattacharya, Cédric Diot, Aurian P. García-González, Brent Horowitz, Yong-Uk Lee, Thomas Leland, Xuhang Li, Zeynep Mirza, Huimin Na, Shivani Nanda, Olga Ponomarova, Hefei Zhang, Jingyan Zhang, L. Safak Yilmaz, Albertha J.M. Walhout.
線虫の多数の代謝経路と各反応に関わる遺伝子を詳細にアノテーションし、Web上で見られるデータベース（WormPaths）を構築。COVID-19流行で在宅を強いられ実験ができない期間に作った、と始まる要旨がユニーク。UMMSのWalhout研。2020年12月23日プレプリント。
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.22.424026v1
Elife. 2020 Dec 22;9:e63265.
Rebecca C Adikes, Abraham Q Kohrman, Michael A Q Martinez, Nicholas J Palmisano, Jayson J Smith, Taylor N Medwig-Kinney, Mingwei Min, Maria Danielle Sallee, Ononnah B Ahmed, Nuri Kim, Simeiyun Liu, Robert D Morabito, Nicholas Weeks, Qinyun Zhao, Wan Zhang, Jessica L Feldman, Michalis Barkoulas, Ariel M Pani, Sabrina Leigh Spencer, Benjamin Louis Martin, David Q Matus.
サイクリン依存性キナーゼの活性に応じて核局在が変化する蛍光タンパク質センサーを線虫とゼブラフィッシュに発現させて、細胞分裂周期のどの状態にあるかを可視化できることを報告。ストーニーブルック大学Matus研など。2020年12月22日。
Nat Methods. 2014 May;11(5):529-34.
Christian Frøkjær-Jensen, M Wayne Davis, Mihail Sarov, Jon Taylor, Stephane Flibotte, Matthew LaBella, Andrei Pozniakovsky, Donald G Moerman, Erik M Jorgensen.
短く改良したMos1トランスポゾン（miniMos）で、長い外来遺伝子（45kbまで）を染色体にランダムに挿入できることを報告。この技術で、同じMosSCIベクターを全染色体に挿入できるようにした株（universal MosSCI）や、蛍光レポーター・lacOの挿入株を多数作製。Frøkjær-Jensenら。2014年。
Nat Genet. 2008 Nov;40(11):1375-83.
Christian Frøkjær-Jensen, M Wayne Davis, Christopher E Hopkins, Blake J Newman, Jason M Thummel, Søren-Peter Olesen, Morten Grunnet & Erik M Jorgensen.
Nat Methods. 2012 Jan 30;9(2):117-8.
Christian Frøkjær-Jensen, M Wayne Davis, Michael Ailion, Erik M Jorgensen.
MosTICを応用し、染色体上の特定の場所に外来遺伝子を1コピーだけ挿入する手法（MosSCI）の報告。挿入場所は限定されるが、十分に実用的なレベルで形質転換効率が高いので広く普及した。どちらもFrøkjær-Jensenら。2008年と2012年。
Nat Methods. 2010 Jun;7(6):451-3.
Christian Frøkjaer-Jensen, M Wayne Davis, Gunther Hollopeter, Jon Taylor, Todd W Harris, Paola Nix, Rachel Lofgren, Michael Prestgard-Duke, Michael Bastiani, Donald G Moerman, Erik M Jorgensen.
Mos1トランスポゾンが標的遺伝子の近くに（たまたま）入った株でMos1を飛ばすことでDNA切断を誘導し、相同組み換えで標的遺伝子をノックアウトする方法（MosDEL）。Frøkjær-Jensenら。2010年。
EMBO J. 2007 Jan 10;26(1):170-83.
Valérie Robert, Jean-Louis Bessereau
CRISPR-Cas9以前は線虫はゲノム編集が難しかったと前に書いたが、Mos1トランスポゾンがたまたま都合いい場所に挿入された株でMos1を飛ばすことでDNAを切断し、ゲノム編集する方法（MosTIC）が使われていたこともあった。パリ高等師範学校のBessereau研。2007年。
https://www.embopress.org/doi/full/10.1038/sj.emboj.7601463
Nat Commun. 2020 Dec 9;11(1):6300.
Mohammed D Aljohani, Sonia El Mouridi, Monika Priyadarshini, Amhed M Vargas-Velazquez, Christian Frøkjær-Jensen.
PATCを多く含むイントロンの挿入など様々な方法を組み合わせて、外来遺伝子を生殖腺で（ゲノムに挿入せずに）簡単に安定発現させる方法の報告。KAUST（サウジアラビア）のFrøkjær-Jensen研。2020年12月9日。
https://www.nature.com/articles/s41467-020-19898-0
Nat Methods. 2013 Aug;10(8):741-3.
Ari E Friedland, Yonatan B Tzur, Kevin M Esvelt, Monica P Colaiácovo, George M Church, John A Calarco.
今年ノーベル賞が出たCRISPR-Cas9の線虫への応用を最初に報告。同じような試みが片手（両手？）に余るほどの研究室で行われる熾烈な競争となったが、遺伝子破壊についてはハーバード大のCalarcoらがわずかに先着。2013年。
https://www.nature.com/articles/nmeth.2532
GFPノックインなどの相同組み換えを利用したゲノム編集についてはUNCのGoldstein研とMRCのde Bono研がほぼ同着。2013年。
https://academic.oup.com/nar/article/41/20/e193/2414882
https://www.nature.com/articles/nmeth.2641
他の研究室の多くも調整できたようで、少しずつ違うアプローチでほぼ同時にGeneticsに報告。2013年。当事者は相当なストレスだったのでは？
https://www.genetics.org/content/195/2/331
https://www.genetics.org/content/195/3/1177
https://www.genetics.org/content/195/3/1167
https://www.genetics.org/content/195/3/1181
https://www.genetics.org/content/195/3/1173
https://www.genetics.org/content/195/3/1187
線虫は酵母やマウスと比較してDNAを自由に書き換えるゲノム編集が難しかったので、このことが線虫の最大の弱点と言われることもあったが、CRISPR-Cas9の登場でこの問題は解決した（使うにはそれなりに熟練が必要だが…）。
bioRxiv
Seth R Taylor, Gabriel Santpere, Alexis Weinreb, Alec Barrett, Molly B. Reilly, Chuan Xu, Erdem Varol, Panos Oikonomou, Lori Glenwinkel, Rebecca McWhirter, Abigail Poff, Manasa Basavaraju, Ibnul Rafi, Eviatar Yemini, Steven J Cook, Alexander Abrams, Berta Vidal, Cyril Cros, Saeed Tavazoie, Nenad Sestan, Marc Hammarlund, Oliver Hobert, David M. Miller III.
CeNGENコンソーシアムによる、線虫全神経細胞の遺伝子発現プロファイルの記述。かなり前からウェブサイトでデータが公開されていて、既に多くの研究者が利用していると思われる。ヴァンダービルト大学Miller研など多数。2020年12月16日プレプリント。
Cell. 2016 Jul 14;166(2):343-357.
Christian Frøkjær-Jensen, Nimit Jain, Loren Hansen, M Wayne Davis, Yongbin Li, Di Zhao, Karine Rebora, Jonathan R M Millet, Xiao Liu, Stuart K Kim, Denis Dupuy, Erik M Jorgensen, Andrew Z Fire
前々投稿に続き生殖腺でのサイレンシングのルールの報告。連続したAもしくは連続したTが約10塩基ごとに周期的に並ぶような配列（PATC）が非翻訳領域にある場合に、遺伝子がサイレンシングを逃れて発現する。Frøkjær-Jensenら。2016年。
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867416306766
外来遺伝子を生殖腺もしくは初期胚で高発現させたい場合は、PATCを多く含むイントロン（smu-1遺伝子のイントロンなど）を入れれば、安定して発現しやすくなる（前々投稿のpiRNAの論文でも使用）。
https://science.sciencemag.org/content/359/6375/587
（12月9日追記）
PATCを多く含むイントロンの挿入など様々な方法を組み合わせて、外来遺伝子を生殖腺で（ゲノムに挿入せずに）簡単に安定発現させる方法の報告。KAUST（サウジアラビア）のFrøkjær-Jensen研。2020年12月9日。
https://www.nature.com/articles/s41467-020-19898-0
Nucleic Acids Res. 2018 Jul 2;46(W1):W43-W48.
Wei-Sheng Wu, Wei-Che Huang, Jordan S Brown, Donglei Zhang, Xiaoyan Song, Hao Chen, Shikui Tu, Zhiping Weng, Heng-Chi Lee.
遺伝子中のpiRNA標的配列を予測して、piRNAによるサイレンシングを受けない配列に変えることができるウェブツールの「pirScan」の報告。これもシカゴ大学Lee研。2018年。
Genetics. 2018 Oct;210(2):445-461.
Woojin Kim, Ryan S Underwood, Iva Greenwald, Daniel D Shaye.
線虫とヒトの遺伝子の対応関係をまとめた「OrthoList」の最新版。線虫の遺伝子がヒトにもあるか（あるいはその逆）が知りたくなったら、彼らのウェブサイトかエクセルファイル（FigshareのFile_S7）を見るとよい。イリノイ大学シカゴ校Shaye研など。2018年。
