Integration of Metabolic and Gene Regulatory Networks Modulates the C. elegans Dietary Response; Interspecies Systems Biology Uncovers Metabolites Affecting C. elegans Gene Expression and Life History Traits

Cell. 2013 Mar 28;153(1):253-66.

Emma Watson, Lesley T MacNeil, H Efsun Arda, Lihua Julie Zhu, Albertha J M Walhout.

Cell. 2014 Feb 13;156(4):759-70.

Emma Watson, Lesley T MacNeil, Ashlyn D Ritter, L Safak Yilmaz, Adam P Rosebrock, Amy A Caudy, Albertha J M Walhout.

線虫が早く育つが繁殖能と寿命が減少する餌（Comamonas aquatica）を与えると起こる遺伝子発現変化やその分子機構を解析。餌のビタミンB12が重要。筆頭著者のエマ・ワトソンは名前が名前だけに有名（業績もすごい）。UMMSのWalhout研。2013/2014年。

https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(13)00284-5

https://www.cell.com/fulltext/S0092-8674(14)00141-X

WormPaths: Caenorhabditis elegans metabolic pathway annotation and visualization

bioRxiv.

Melissa D. Walker, Gabrielle E. Giese, Amy D. Holdorf, Sushila Bhattacharya, Cédric Diot, Aurian P. García-González, Brent Horowitz, Yong-Uk Lee, Thomas Leland, Xuhang Li, Zeynep Mirza, Huimin Na, Shivani Nanda, Olga Ponomarova, Hefei Zhang, Jingyan Zhang, L. Safak Yilmaz, Albertha J.M. Walhout.

線虫の多数の代謝経路と各反応に関わる遺伝子を詳細にアノテーションし、Web上で見られるデータベース（WormPaths）を構築。COVID-19流行で在宅を強いられ実験ができない期間に作った、と始まる要旨がユニーク。UMMSのWalhout研。2020年12月23日プレプリント。

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.22.424026v1

Molecular topography of an entire nervous system

bioRxiv

Seth R Taylor, Gabriel Santpere, Alexis Weinreb, Alec Barrett, Molly B. Reilly, Chuan Xu, Erdem Varol, Panos Oikonomou, Lori Glenwinkel, Rebecca McWhirter, Abigail Poff, Manasa Basavaraju, Ibnul Rafi, Eviatar Yemini, Steven J Cook, Alexander Abrams, Berta Vidal, Cyril Cros, Saeed Tavazoie, Nenad Sestan, Marc Hammarlund,  Oliver Hobert, David M. Miller III.

CeNGENコンソーシアムによる、線虫全神経細胞の遺伝子発現プロファイルの記述。かなり前からウェブサイトでデータが公開されていて、既に多くの研究者が利用していると思われる。ヴァンダービルト大学Miller研など多数。2020年12月16日プレプリント。

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.15.422897v1