Genome-wide RNAi analysis of Caenorhabditis elegans fat regulatory genes; C. elegans Major Fats Are Stored in Vesicles Distinct from Lysosome-Related Organelles

Nature. 2003 Jan 16;421(6920):268-72.

Kaveh Ashrafi, Francesca Y Chang, Jennifer L Watts, Andrew G Fraser, Ravi S Kamath, Julie Ahringer, Gary Ruvkun.

ナイルレッドという色素を使って線虫の脂肪を染色・定量する方法を確立するとともに、ゲノムワイドなRNAiスクリーニングにより脂肪蓄積に関わる遺伝子を大量に同定（したはずだった）。Ruvkun研にいたAshrafiら。2003年。

https://www.nature.com/articles/nature01279

Cell Metab. 2009 Nov;10(5):430-5.

Eyleen J O'Rourke, Alexander A Soukas, Christopher E Carr, Gary Ruvkun.

ナイルレッドなど旧来の脂肪染色法で染まるのはリソソームに関連するオルガネラで、実際の脂肪の量を反映しないことを報告。オイルレッドOという色素を使うべきと主張。上述の論文を含め、過去の大量の関連論文の解釈が難しくなるというまさかの展開に。Ruvkun研。2009研。

https://www.cell.com/cell-metabolism/fulltext/S1550-4131(09)00301-5

このような経緯を知らずに（？）、古い染色法を使ったり、それらを使った過去の論文を引用して議論する論文がいまだにあって、混乱が続いてしまっている。

ConVarT: a search tool for orthologous variants: A method and server for functional inference of human genetic variants

bioRxiv.

Mustafa S. Pir, Halil I. Bilgin, Ahmet Sayici, Fatih Coşkun, Furkan M. Torun, Pei Zhao, Yahong Kang, Sebiha Cevik, Oktay I. Kaplan.

ヒト・マウス・線虫で報告された変異/バリアントが、別の２種に存在するオーソログではどのような変化に相当するかを調べられるウェブツール（ConVarT）の報告。アブドラ・ギュル大学（トルコ）のKaplan研。2021年1月9日プレプリント。

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.01.07.424951v2

Genome Sequence of the Nematode C. elegans: A Platform for Investigating Biology

Science. 1998 Dec 11;282(5396):2012-8.  

The C. elegans Sequencing Consortium

MRCのSulstonやワシントン大セントルイスにいたWaterstonが中心となって、8年がかりでC. elegansのゲノム配列を解読。線虫はゲノムが読まれた最初の多細胞生物となった。1998年。SulstonとWaterstonはその後のヒトゲノム解読プロジェクトでも旗振り役となった。

https://science.sciencemag.org/content/282/5396/2012/tab-pdf

OrthoList 2: A New Comparative Genomic Analysis of Human and Caenorhabditis elegans Genes

Genetics. 2018 Oct;210(2):445-461.

Woojin Kim, Ryan S Underwood, Iva Greenwald, Daniel D Shaye.

線虫とヒトの遺伝子の対応関係をまとめた「OrthoList」の最新版。線虫の遺伝子がヒトにもあるか（あるいはその逆）が知りたくなったら、彼らのウェブサイトかエクセルファイル（FigshareのFile_S7）を見るとよい。イリノイ大学シカゴ校Shaye研など。2018年。

https://www.genetics.org/content/210/2/445

Biology and genome of a newly discovered sibling species of Caenorhabditis elegans

Nat Commun. 2018 Aug 10;9(1):3216.  

Natsumi Kanzaki, Isheng J. Tsai, Ryusei Tanaka, Vicky L. Hunt, Dang Liu, Kenji Tsuyama, Yasunobu Maeda, Satoshi Namai, Ryohei Kumagai, Alan Tracey, Nancy Holroyd, Stephen R. Doyle, Gavin C. Woodruff, Kazunori Murase, Hiromi Kitazume, Cynthia Chai, Allison Akagi, Oishika Panda, Huei-Mien Ke, Frank C. Schroeder, John Wang, Matthew Berriman, Paul W. Sternberg, Asako Sugimoto & Taisei Kikuchi

C. elegansの最近縁種であるC. inopinataを沖縄のイチジクから発見し、形態やゲノム配列を報告。C. elegansの近縁種は採集が難航し、発見に懸賞金がかかったこともあった。東北大の杉本亜砂子研究室など。2018年。

https://www.nature.com/articles/s41467-018-05712-5

(脱線) C. elegansの近縁種としてはCaenorhabditis briggsaeがよく用いられてきたが、ゲノム配列からは実はそれほど近縁ではなく、例えば「クジラとコウモリ」と同程度にC. elegansと遺伝学的距離が離れている。

C.エレガンスという名について「これのどこがエレガンス？」と思う人が多いようだが、他の近縁種を飼育すれば理由がわかる。C. briggsaeはシャーレの壁を登るなど、行動が荒々しい。C. elegansは動きが優雅で、ブレナーが複数の線虫種の中から実験生物に採用したのも納得。

ブレナーはまずC. briggsaeを研究しようとしたが、最終的にはC. elegansを研究対象に選んだ。他にもM. lheritieriという種に「N1」という株名をつけて候補に入れていた。C. elegans野生型株の名前「N2」のNはnematode、2は２番目の株、という意味。

Recompleting the Caenorhabditis elegans genome

Genome Res. 2019 Jun;29(6):1009-1022.

Jun Yoshimura, Kazuki Ichikawa, Massa J Shoura, Karen L Artiles, Idan Gabdank, Lamia Wahba, Cheryl L Smith, Mark L Edgley, Ann E Rougvie, Andrew Z Fire, Shinichi Morishita, Erich M Schwarz

N2由来のVC2010株について、より完全にゲノムを読み直した。新しい遺伝子候補も多く発見。今から新しいプロジェクト（特に新しい変異体の単離）を始めるなら、N2よりVC2010を使った方がよいかもしれない。コーネル大学Schwarz研など。東大の森下研が参加。

https://genome.cshlp.org/content/early/2019/05/20/gr.244830.118