Genome-wide RNAi analysis of Caenorhabditis elegans fat regulatory genes; C. elegans Major Fats Are Stored in Vesicles Distinct from Lysosome-Related Organelles

Nature. 2003 Jan 16;421(6920):268-72.

Kaveh Ashrafi, Francesca Y Chang, Jennifer L Watts, Andrew G Fraser, Ravi S Kamath, Julie Ahringer, Gary Ruvkun.

ナイルレッドという色素を使って線虫の脂肪を染色・定量する方法を確立するとともに、ゲノムワイドなRNAiスクリーニングにより脂肪蓄積に関わる遺伝子を大量に同定（したはずだった）。Ruvkun研にいたAshrafiら。2003年。

https://www.nature.com/articles/nature01279

Cell Metab. 2009 Nov;10(5):430-5.

Eyleen J O'Rourke, Alexander A Soukas, Christopher E Carr, Gary Ruvkun.

ナイルレッドなど旧来の脂肪染色法で染まるのはリソソームに関連するオルガネラで、実際の脂肪の量を反映しないことを報告。オイルレッドOという色素を使うべきと主張。上述の論文を含め、過去の大量の関連論文の解釈が難しくなるというまさかの展開に。Ruvkun研。2009研。

https://www.cell.com/cell-metabolism/fulltext/S1550-4131(09)00301-5

このような経緯を知らずに（？）、古い染色法を使ったり、それらを使った過去の論文を引用して議論する論文がいまだにあって、混乱が続いてしまっている。

Integration of Metabolic and Gene Regulatory Networks Modulates the C. elegans Dietary Response; Interspecies Systems Biology Uncovers Metabolites Affecting C. elegans Gene Expression and Life History Traits

Cell. 2013 Mar 28;153(1):253-66.

Emma Watson, Lesley T MacNeil, H Efsun Arda, Lihua Julie Zhu, Albertha J M Walhout.

Cell. 2014 Feb 13;156(4):759-70.

Emma Watson, Lesley T MacNeil, Ashlyn D Ritter, L Safak Yilmaz, Adam P Rosebrock, Amy A Caudy, Albertha J M Walhout.

線虫が早く育つが繁殖能と寿命が減少する餌（Comamonas aquatica）を与えると起こる遺伝子発現変化やその分子機構を解析。餌のビタミンB12が重要。筆頭著者のエマ・ワトソンは名前が名前だけに有名（業績もすごい）。UMMSのWalhout研。2013/2014年。

https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(13)00284-5

https://www.cell.com/fulltext/S0092-8674(14)00141-X

WormPaths: Caenorhabditis elegans metabolic pathway annotation and visualization

bioRxiv.

Melissa D. Walker, Gabrielle E. Giese, Amy D. Holdorf, Sushila Bhattacharya, Cédric Diot, Aurian P. García-González, Brent Horowitz, Yong-Uk Lee, Thomas Leland, Xuhang Li, Zeynep Mirza, Huimin Na, Shivani Nanda, Olga Ponomarova, Hefei Zhang, Jingyan Zhang, L. Safak Yilmaz, Albertha J.M. Walhout.

線虫の多数の代謝経路と各反応に関わる遺伝子を詳細にアノテーションし、Web上で見られるデータベース（WormPaths）を構築。COVID-19流行で在宅を強いられ実験ができない期間に作った、と始まる要旨がユニーク。UMMSのWalhout研。2020年12月23日プレプリント。

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.22.424026v1